Isolation and Characterization of vB_PagP-SK1, a T7-Like Phage Infecting <i>Pantoea agglomerans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Background:Pantoea is a genus within the Enterobacterales whose members encompass free-living and host-associated lifestyles. Despite our growing understanding of the role of mobile genetic elements in the biology, ecology, and evolution of this bacterial group, few Pantoea bacteriophages have been identified and characterized. Materials and Methods:A bacteriophage that could infect Pantoea agglomerans was isolated from barnyard soil. We used electron microscopy and complete genome sequencing to identify the viral family, and evaluated its host range across 10 different Pantoea species groups using both bacterial lawn and phage lawn assays. The latter assays were carried out using a scalable microplate assay to increase throughput and enable spectrophotometric quantitation. We also performed a phylogenetic analysis to determine the closest relatives of our phage. Results:Phage vB_PagP-SK1 belongs to the genus Teseptimavirus of the Podoviridae family in the order Caudovirales. The 39,938 bp genome has a modular structure with early, middle, and late genes, along with the characteristic direct terminal repeats of 172 bp. Genome composition and synteny were similar to that of the Erwinia amylovora phage, vB_EamP-L1, with the exception of a few loci that are most similar to genes of phage infecting other members of the Enterobacteriaceae. A total of 94 Pantoea strains were surveyed and vB_PagP-SK1 was found to infect 15 Pantoea strains across three species, predominantly P. agglomerans, along with one Erwinia billingiae strain. Conclusions:vB_PagP-SK1 belongs to the Teseptimavirus genus and has a host range that spans multiple species groups, and is most closely related to the E. amylovora phage, vB_EamP-L1. The presence of xenologous genes in its genome indicates that the genome is a mosaic of multiple Teseptimavirus phages that infect members of the Enterobacteriaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».