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Enregistrement W3003775650 · doi:10.1111/cge.13709

Report of the first patient with a homozygous <i>OTUD7A</i> variant responsible for epileptic encephalopathy and related proteasome dysfunction

2020· article· en· W3003775650 sur OpenAlexaff
Philippine Garret, Frédéric Ebstein, Geoffroy Delplancq, Blandine Dozières‐Puyravel, Aïcha Boughalem, Stéphane Auvin, Yannis Duffourd, Sandro Klafack, Barbara A. Zieba, Sana Mahmoudi, Karun K. Singh, Laurence Duplomb, Christel Thauvin‐Robinet, Jean‐Marc Costa, Elke Krüger, Detlef Trost, Alain Verloès, Laurence Faivre, Antonio Vitobello

Notice bibliographique

RevueClinical Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesConseil régional de Bourgogne-Franche-ComtéAssociation Nationale de la Recherche et de la TechnologieDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésMissense mutationHypotoniaExome sequencingEpilepsyGeneticsPenetranceBiologyEncephalopathyPhenotypeCompound heterozygosityIntellectual disabilityGlobal developmental delayMedicineInternal medicineGeneNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Heterozygous microdeletions of chromosome 15q13.3 (MIM: 612001) show incomplete penetrance and are associated with a highly variable phenotype that may include intellectual disability, epilepsy, facial dysmorphism and digit anomalies. Rare patients carrying homozygous deletions show more severe phenotypes including epileptic encephalopathy, hypotonia and poor growth. For years, CHRNA7 (MIM: 118511), was considered the candidate gene that could account for this syndrome. However, recent studies in mouse models have shown that OTUD7A/CEZANNE2 (MIM: 612024), which encodes for an ovarian tumor (OTU) deubiquitinase, should be considered the critical gene responsible for brain dysfunction. In this study, a patient presenting with severe global developmental delay, language impairment and epileptic encephalopathy was referred to our genetics center. Trio exome sequencing (tES) analysis identified a homozygous OTUD7A missense variant (NM_130901.2:c.697C>T), predicted to alter an ultraconserved amino acid, p.(Leu233Phe), lying within the OTU catalytic domain. Its subsequent segregation analysis revealed that the parents, presenting with learning disability, and brother were heterozygous carriers. Biochemical assays demonstrated that proteasome complex formation and function were significantly reduced in patient-derived fibroblasts and in OTUD7A knockout HAP1 cell line. We provide evidence that biallelic pathogenic OTUD7A variation is linked to early-onset epileptic encephalopathy and proteasome dysfunction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,449
Score d'incertitude au seuil0,423

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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