Evolution and variation of 2019-novel coronavirus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The current outbreak caused by novel coronavirus (2019-nCoV) in China has become a worldwide concern. As of 28 January 2020, there were 4631 confirmed cases and 106 deaths, and 11 countries or regions were affected. Methods We downloaded the genomes of 2019-nCoVs and similar isolates from the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Database (GISAID and nucleotide database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Lasergene 7.0 and MEGA 6.0 softwares were used to calculate genetic distances of the sequences, to construct phylogenetic trees, and to align amino acid sequences. Bayesian coalescent phylogenetic analysis, implemented in the BEAST software package, was used to calculate the molecular clock related characteristics such as the nucleotide substitution rate and the most recent common ancestor (tMRCA) of 2019-nCoVs. Results An isolate numbered EPI_ISL_403928 showed different phylogenetic trees and genetic distances of the whole length genome, the coding sequences (CDS) of ployprotein (P), spike protein (S), and nucleoprotein (N) from other 2019-nCoVs. There are 22, 4, 2 variations in P, S, and N at the level of amino acid residues. The nucleotide substitution rates from high to low are 1·05 × 10 −2 (nucleotide substitutions/site/year, with 95% HPD interval being 6.27 × 10 −4 to 2.72 × 10 −2 ) for N, 5.34 × 10 −3 (5.10 × 10 −4 , 1.28 × 10 −2 ) for S, 1.69 × 10 −3 (3.94 × 10 −4 , 3.60 × 10 −3 ) for P, 1.65 × 10 −3 (4.47 × 10 −4 , 3.24 × 10 −3 ) for the whole genome, respectively. At this nucleotide substitution rate, the most recent common ancestor (tMRCA) of 2019-nCoVs appeared about 0.253-0.594 year before the epidemic. Conclusion Our analysis suggests that at least two different viral strains of 2019-nCoV are involved in this outbreak that might occur a few months earlier before it was officially reported.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».