Transposable elements have contributed human regulatory regions that are activated upon bacterial infection
Notice bibliographique
Résumé
Transposable elements (TEs) are increasingly recognized as important contributors to mammalian regulatory systems. For instance, they have been shown to play a role in the human interferon response, but their involvement in other mechanisms of immune cell activation remains poorly understood. Here, we investigated the profile of accessible chromatin enhanced in stimulated human macrophages using ATAC-seq to assess the role of different TE subfamilies in regulating gene expression following an immune response. We found that both previously identified and new repeats belonging to the MER44, THE1, Tigger3 and MLT1 families provide 14 subfamilies that are enriched in differentially accessible chromatin and found near differentially expressed genes. These TEs also harbour binding motifs for several candidate transcription factors, including important immune regulators AP-1 and NF-κB, present in 96% of accessible MER44B and 83% of THE1C instances, respectively. To more directly assess their regulatory potential, we evaluated the presence of these TEs in regions putatively affecting gene expression, as defined by quantitative trait locus (QTL) analysis, and found that repeats are also contributing to accessible elements near QTLs. Together, these results suggest that a number of TE families have contributed to the regulation of gene expression in the context of the immune response to infection in humans. This article is part of a discussion meeting issue 'Crossroads between transposons and gene regulation'.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».