A Rapid, Simple, Laboratory and Field-Adaptable DNA Extraction and Diagnostic Method Suitable for Insect-Transmitted Plant Pathogen and Insect Identification
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Watch a presentation about this research by first author Karolina Pusz-Bochenska. Surveillance for insect-transmitted pathogens of plants involves sampling insects in the field, followed by transport of the samples to the laboratory for DNA extraction and molecular analysis. Sample transport and DNA extraction are time consuming and can delay the implementation of measures to mitigate the effects of insect-transmitted plant pathogens. Looking for a fast and reliable method to extract DNA in the field where insects were collected, we used Flinders Technology Associates PlantSaver cards, which are designed for plant DNA extraction. Insect DNA extraction can be achieved in the field, and extracted DNA can be amplified using the field-adaptable method, loop-mediated isothermal amplification (LAMP), in less than 1 h. Additionally, we demonstrate the feasibility and accuracy of the paper extraction method for molecular identification to the species level using mitochondrial cytochrome oxidase 1 amplification and sequencing on 11 genera of insects including beetles, leafhoppers, flies, psyllids, and aphids. The method was suitable for insects collected using three common methods: live-trapped and frozen, stored in ethanol, or trapped on sticky cards. Moreover, by testing leafhoppers collected in 2018 in the field, we demonstrated that the LAMP assay using the chaperonin-60 target detects a higher proportion of samples positive for ‘Candidatus Phytoplasma asteris’ than conventional PCR targeting 16S rRNA. Lastly, the paper extraction method was used to determine the prevalence of leafhoppers carrying the plant pathogenic bacterium ‘Ca. P. asteris’, which causes aster yellows from a laboratory-reared colony using PCR-based tests (conventional PCR, qPCR, and droplet digital PCR) and the non-PCR-based LAMP assay.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle