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Enregistrement W3004984830 · doi:10.3389/fnmol.2020.00012

Expanding Clinical Presentations Due to Variations in THOC2 mRNA Nuclear Export Factor

2020· article· en· W3004984830 sur OpenAlexafffund
Raman Kumar, Elizabeth E. Palmer, Alison Gardner, Renée Carroll, Siddharth Banka, Ola Abdelhadi, Dian Donnai, Ype Elgersma, Cynthia J. Curry, Alice Gardham, Mohnish Suri, Rishikesh Malla, Lauren Brady, Mark A. Tarnopolsky, Dimitar N. Azmanov, Vanessa Atkinson, Michael T. Black, Gareth Baynam, Lauren Dreyer, Robin Z. Hayeems, Christian R. Marshall, Gregory Costain, Marja W. Wessels, Júlia Baptista, James Drummond, Melanie Leffler, Michael Field, Jozef Gécz

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Molecular Neuroscience · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensSickKids FoundationInstitute for Clinical Evaluative SciencesHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoMcMaster University Medical Centre
Organismes subventionnairesNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilUniversity of TorontoNational Institute for Health and Care ResearchDepartment of Health and Social CareCancer Research UKHospital for Sick ChildrenWellcome Trust
Mots-clésMissense mutationRNA splicingHypotoniaBiologyPhenotypeNeurodegenerationRNA-binding proteinGeneticsMessenger RNAGeneMedicineRNAPathologyDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Multiple TREX mRNA export complex subunits (e.g., THOC1, THOC5, THOC7, THOC6) have now been implicated in neurodevelopmental disorders (NDDs), neurodegeneration and cancer. We previously implicated missense and splicing-defective THOC2 variants in NDDs and a broad range of other clinical features. Here we report 10 individuals from 9 families with rare missense THOC2 variants including the first case of a recurrent variant (p.Arg77Cys), and an additional individual with an intragenic THOC2 microdeletion (Del-Ex37-38). Ex vivo missense variant testing and patient-derived cell line data from current and published studies show 9 of the 14 missense THOC2 variants result in reduced protein stability. The splicing-defective and deletion variants result in a loss of small regions of the C-terminal THOC2 RNA binding domain. Interestingly, reduced stability of THOC2 variant proteins has a flow on effect on the stability of the multiprotein TREX complex and specifically the other NDD-associated THOC subunits. Our current, expanded cohort refines the core phenotype of THOC2 NDDs to language disorder and/or ID, with a variable severity, and disorders of growth. A subset of affected individuals' have severe-profound ID, persistent hypotonia and respiratory abnormalities. Further investigations to elucidate the pathophysiological basis for this severe phenotype are warranted.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,751
Score d'incertitude au seuil0,502

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,341
Écart entre enseignants0,305 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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