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Enregistrement W3005030307 · doi:10.1101/2020.02.10.941450

Unfolded protein response and scaffold independent pheromone MAP kinase signalling control <i>Verticillium dahliae</i> growth, development and plant pathogenesis

2020· preprint· en· W3005030307 sur OpenAlexafffund
Jessica Starke, Rebekka Harting, Isabel Maurus, Rica Bremenkamp, James W. Kronstad, Gerhard H. Braus

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésConidiationVerticillium dahliaeBiologyUnfolded protein responseScaffold proteinCell biologyVirulenceProtein kinase ASignal transductionKinaseMicrobiologyBiochemistryBotanyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Development and virulence of the vascular plant pathogen Verticillium dahliae are connected and depend on a complex interplay between the unfolded protein response, a Ham5 independent pheromone MAP kinase module and formation of precursors for oxylipin signal molecules. Genes coding for the unfolded protein response regulator Hac1, the Ham5 MAPK scaffold protein, and the oleate Δ12-fatty acid desaturase Ode1 were deleted and their functions in growth, differentiation, and virulence on plants were studied using genetic, cell biology, and plant infection experiments. The unfolded protein response transcription factor Hac1 is required for initial root colonization, fungal conidiation and propagation inside the host and is essential for resting structure formation. Microsclerotia development, growth and virulence require the pheromone response MAPK pathway, but without the Ham5 scaffold function. Single ER-associated enzymes for linoleic acid production make important contributions to fungal growth but have only a minor impact on the pathogenicity of V. dahliae . Fungal growth, sporulation, dormant structure formation and plant infection require a network of the Hac1-regulated unfolded protein response, a scaffold-independent pheromone response MAPK pathway and formation of precursors for signalling. This network includes interesting targets for disease management of the vascular pathogen V. dahliae .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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