Genome-wide analysis of a putative lipid transfer protein LTP_2 gene family reveals CsLTP_2 genes involved in response of cucumber against root-knot nematode (<i>Meloidogyne incognita</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Plant lipid transfer proteins (LTPs) are small basic proteins that play important roles in the regulation of various plant biological processes as well as the response to biotic and abiotic stresses. However, knowledge is limited on how this family of proteins is regulated in response to nematode infection in cucumber. In the present study, a total of 39 CsLTP_2 genes were identified by querying databases for cucumber-specific LTP_2 using a Hidden Markov Model approach and manual curation. The family has a five-cysteine motif (5CM) with the basic form CC-Xn-CXC-Xn-C, which differentiates it from typical nsLTPs. The members of CsLTP_2 were grouped into six families according to their structure and their phylogenetic relationships. Expression data of CsLTP_2 genes in 10 cucumber tissues indicated that they were tissue-specific genes. Two genes showed significant expression change in roots of resistant and susceptible lines during nematode infection, indicating their involvement in response to Meloidogyne incognita. This systematic analysis provides a foundation of knowledge for future studies of the biological roles of CsLTP_2 genes in cucumber in response to nematode infection and may help in the efforts to improve M. incognita-resistance breeding in cucumber.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».