Polymerase μ in non-homologous DNA end joining: importance of the order of arrival at a double-strand break in a purified system
Notice bibliographique
Résumé
During non-homologous DNA end joining (NHEJ), bringing two broken dsDNA ends into proximity is an essential prerequisite for ligation by XRCC4:Ligase IV (X4L4). This physical juxtaposition of DNA ends is called NHEJ synapsis. In addition to the key NHEJ synapsis proteins, Ku, X4L4, and XLF, it has been suggested that DNA polymerase mu (pol μ) may also align two dsDNA ends into close proximity for synthesis. Here, we directly observe the NHEJ synapsis by pol μ using a single molecule FRET (smFRET) assay where we can measure the duration of the synapsis. The results show that pol μ alone can mediate efficient NHEJ synapsis of 3' overhangs that have at least 1 nt microhomology. The abundant Ku protein in cells limits the accessibility of pol μ to DNA ends with overhangs. But X4L4 can largely reverse the Ku inhibition, perhaps by pushing the Ku inward to expose the overhang for NHEJ synapsis. Based on these studies, the mechanistic flexibility known to exist at other steps of NHEJ is now also apparent for the NHEJ synapsis step.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».