Double-stranded DNA virioplankton dynamics and reproductive strategies in the oligotrophic open ocean water column
Notice bibliographique
Résumé
Microbial communities are critical to ecosystem dynamics and biogeochemical cycling in the open oceans. Viruses are essential elements of these communities, influencing the productivity, diversity, and evolution of cellular hosts. To further explore the natural history and ecology of open-ocean viruses, we surveyed the spatiotemporal dynamics of double-stranded DNA (dsDNA) viruses in both virioplankton and bacterioplankton size fractions in the North Pacific Subtropical Gyre, one of the largest biomes on the planet. Assembly and clustering of viral genomes revealed a peak in virioplankton diversity at the base of the euphotic zone, where virus populations and host species richness both reached their maxima. Simultaneous characterization of both extracellular and intracellular viruses suggested depth-specific reproductive strategies. In particular, analyses indicated elevated lytic interactions in the mixed layer, more temporally variable temperate phage interactions at the base of the euphotic zone, and increased lysogeny in the mesopelagic ocean. Furthermore, the depth variability of auxiliary metabolic genes suggested habitat-specific strategies for viral influence on light-energy, nitrogen, and phosphorus acquisition during host infection. Most virus populations were temporally persistent over several years in this environment at the 95% nucleic acid identity level. In total, our analyses revealed variable distributional patterns and diverse reproductive and metabolic strategies of virus populations in the open-ocean water column.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».