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Enregistrement W3006337377 · doi:10.1101/2020.02.17.919845

Effect of structural stability on endolysosomal degradation and T-cell reactivity of major shrimp allergen tropomyosin

2020· preprint· en· W3006337377 sur OpenAlexaff
Sandip D. Kamath, Sandra Scheiblhofer, C. Mark Johnson, Yoan Machado, Thomas R. McLean, Aya C. Taki, Paul A. Ramsland, Swati Iyer, I.A. Joubert, Heidi Hofer, Michael Wallner, Josef Thalhamer, Jennifer M. Rolland, Robyn E. O’Hehir, Peter Briza, Fátima Ferreira, Richard Weiss, Andreas L. Lopata

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFood Allergy and Anaphylaxis Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesAgenzia Italiana del Farmaco, Ministero della SaluteNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilAustrian Science Fund
Mots-clésBiologyTropomyosinEpitopeImmunoglobulin ECockroachAllergenPeptideCell biologyBiochemistryAntigenAntibodyImmunologyMyosinAllergyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Tropomyosins are highly conserved proteins, an attribute that forms the molecular basis for their IgE antibody cross-reactivity. Despite structural similarities, their allergenicity varies greatly between ingested and inhaled invertebrate sources. In this study, we investigated the relationship between the structural stability of different tropomyosins, their endolysosomal degradation patterns and T-cell reactivity. Methods We investigated the differences between four tropomyosins - the major shrimp allergen Pen m 1 and the minor allergens Der p 10 (dust mite), Bla g 7 (cockroach) and Ani s 3 (fish parasite) - in terms of IgE binding, structural stability, endolysosomal degradation and subsequent peptide generation, and T-cell cross-reactivity in a BALB/c murine model. Results Despite their conserved primary structure and consequent IgE co-reactivity, the invertebrate tropomyosins displayed different protein stabilities. Pen m 1 and Ani s 3, but not Der p 10 and Bla g 7 elicited differential melting temperatures that were pH-dependent. Endolysosomal experiments demonstrated differential degradation, as a function of stability, generating different peptide repertoires. Pen m 1 T-cell clones, with specificity for sequences highly conserved in all four tropomyosins, did not proliferate with Der p 10, Bla g 7 and Ani s 3, indicating that these peptides were not naturally produced for other invertebrate tropomyosins. Conclusions Our data suggest that, although invertebrate tropomyosins exhibit a high degree of IgE cross-reactivity due to conserved B-cell epitopes, they do not necessarily share identical cross-reactive T-cell epitopes. This is likely due to differential endolysosomal processing as a function of different structural stabilities.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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