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Enregistrement W3006981063 · doi:10.1158/1055-9965.epi-19-0803

Lipid Trait Variants and the Risk of Non-Hodgkin Lymphoma Subtypes: A Mendelian Randomization Study

2020· article· en· W3006981063 sur OpenAlexaff
Geffen Kleinstern, Nicola J. Camp, Sonja I. Berndt, Brenda M. Birmann, Alexandra Nieters, Paige M. Bracci, James McKay, Hervé Ghesquières, Qing Lan, Henrik Hjalgrim, Yolanda Benavente, Alain Monnereau, Sophia Wang, Yawei Zhang, Mark P. Purdue, Anne Zeleniuch‐Jacquotte, Graham G. Giles, Roel Vermeulen, Pierluigi Cocco, Demetrius Albanes, Lauren R. Teras, Angela Brooks‐Wilson, Claire M. Vajdic, Eleanor Kane, Neil E. Caporaso, Karin E. Smedby, Gilles Salles, Joseph Vijai, Stephen J. Chanock, Christine F. Skibola, Nathaniel Rothman, Susan L. Slager, James R. Cerhan

Notice bibliographique

RevueCancer Epidemiology Biomarkers & Prevention · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Center for Chronic Disease Prevention and Health PromotionBlood Cancer UKNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Human Genome Research InstituteWorld Health Organization
Mots-clésMendelian randomizationInternal medicineFollicular lymphomaOdds ratioSingle-nucleotide polymorphismDiffuse large B-cell lymphomaOncologyConfidence intervalGenome-wide association studyLymphomaMedicineGastroenterologyBiologyGenotypeGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background: Lipid traits have been inconsistently linked to risk of non-Hodgkin lymphoma (NHL). We examined the association of genetically predicted lipid traits with risk of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), chronic lymphocytic leukemia (CLL), follicular lymphoma (FL), and marginal zone lymphoma (MZL) using Mendelian randomization (MR) analysis. Methods: Genome-wide association study data from the InterLymph Consortium were available for 2,661 DLBCLs, 2,179 CLLs, 2,142 FLs, 824 MZLs, and 6,221 controls. SNPs associated (P < 5 × 10−8) with high-density lipoprotein (HDL, n = 164), low-density lipoprotein (LDL, n = 137), total cholesterol (TC, n = 161), and triglycerides (TG, n = 123) were used as instrumental variables (IV), explaining 14.6%, 27.7%, 16.8%, and 12.8% of phenotypic variation, respectively. Associations between each lipid trait and NHL subtype were calculated using the MR inverse variance–weighted method, estimating odds ratios (OR) per standard deviation and 95% confidence intervals (CI). Results: HDL was positively associated with DLBCL (OR = 1.14; 95% CI, 1.00–1.30) and MZL (OR = 1.09; 95% CI, 1.01–1.18), while TG was inversely associated with MZL risk (OR = 0.90; 95% CI, 0.83–0.99), all at nominal significance (P < 0.05). A positive trend was observed for HDL with FL risk (OR = 1.08; 95% CI, 0.99–1.19; P = 0.087). No associations were noteworthy after adjusting for multiple testing. Conclusions: We did not find evidence of a clear or strong association of these lipid traits with the most common NHL subtypes. While these IVs have been previously linked to other cancers, our findings do not support any causal associations with these NHL subtypes. Impact: Our results suggest that prior reported inverse associations of lipid traits are not likely to be causal and could represent reverse causality or confounding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,008
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,015
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,044

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0080,015
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,307
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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