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Enregistrement W3006983638 · doi:10.1128/mbio.02878-19

Diversity and Complexity of the Large Surface Protein Family in the Compacted Genomes of Multiple<i>Pneumocystis</i>Species

2020· article· en· W3006983638 sur OpenAlexaff
Liang Ma, Zehua Chen, Da Wei Huang, Ousmane H. Cissé, Jamie L. Rothenburger, Alice Latinne, Lisa Bishop, Robert V. Blair, Jason M. Brenchley, Magali Chabé, Xilong Deng, Vanessa M. Hirsch, Rebekah I. Keesler, Geetha Kutty, Yueqin Liu, Daniel Margolis, Sergé Morand, Bapi Pahar, Peng Li, Koen K. A. Van Rompay, Xiaohong Song, Jun Song, Antti Sukura, Sabrina Thapar, Honghui Wang, Christiane Weissenbacher‐Lang, Jie Xu, Chao‐Hung Lee, Claire M. Jardine, Richard A. Lempicki, Melanie T. Cushion, Christina A. Cuomo, Joseph A. Kovacs

Notice bibliographique

RevuemBio · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePneumocystis jirovecii pneumonia detection and treatment
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesOffice of Research Infrastructure Programs, National Institutes of HealthCalifornia National Primate Research CenterNational Center for Research ResourcesNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesUniversité de LausanneNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteInstitut National de la Recherche AgronomiqueNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesBroad InstituteNIH Clinical CenterU.S. Department of Veterans AffairsNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBiologyPneumocystis cariniiPneumocystis pneumoniaGeneAntigenic variationPneumocystis jiroveciiPhylogenetic treePhylogeneticsGenomeImmune systemGeneticsEvolutionary biologyImmunologyHuman immunodeficiency virus (HIV)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pneumocystis continues to be a major cause of disease in humans with immunodeficiency, especially those with HIV/AIDS and organ transplants, and is being seen with increasing frequency worldwide in patients treated with immunodepleting monoclonal antibodies. Annual health care associated with Pneumocystis pneumonia costs ∼$475 million dollars in the United States alone. In addition to causing overt disease in immunodeficient individuals, Pneumocystis can cause subclinical infection or colonization in healthy individuals, which may play an important role in species preservation and disease transmission. Our work sheds new light on the diversity and complexity of the msg superfamily and strongly suggests that the versatility of this superfamily reflects multiple functions, including antigenic variation to allow immune evasion and optimal adaptation to host environmental conditions to promote efficient infection and transmission. These findings are essential to consider in developing new diagnostic and therapeutic strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,283
Score d'incertitude au seuil0,293

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,075
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,167 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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