A115 MODELING CYSTIC FIBROSIS (CF) INTESTINAL DISEASE USING PATIENT DERIVED TISSUES
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Cystic Fibrosis is caused by mutations in the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) gene, which encodes for a chloride/bicarbonate anion channel expressed on the apical membrane of most epithelial tissues, such as the lungs, liver, pancreas, small and large intestines, and reproductive tissues. CFTR is responsible for the transport of chloride and bicarbonate ions to maintain tissue surface hydration and pH balance of epithelial tissues. Historically, recurrent lung infections have been the most common cause of mortality in CF patients. With advances in clinical care and therapeutics, the current mean survival age of Canadian patients has increased to 52.3 years. However, this increase in survival has also been associated with an elevated risk of developing gastrointestinal cancers in CF adults. Compared to the general public, CF patients are 10 times more likely to develop cancer. This risk is increased to 25-20 times in patients that have undergone organ transplantations. Although the exact molecular mechanism regarding increased cancer risk in CF remains unclear, chronic intestinal inflammation has been known to contribute to elevated cancer development. Aims CF patients display an increased baseline inflammatory status that is exacerbated with microbiome exposure leading to possible increased risk for inflammation-mediated cancer development. Methods To reduce inter-patient heterogeneity, we have differentiated human intestinal organoids using induced pluripotent stem cells from homozygous F508del CF patients and gene edited isogenic non-CF (Wt-CFTR) controls. We conducted gene expression studies using RT-qPCR to determine baseline differences in gene expression prior to environmental exposures and following exposure to LPS and flagellin. Results We determined the expression levels of stem cell, intestinal epithelial cell, innate immunity genes and differentiation markers and found expression of such genes were not significantly different between 3D CF and gene-edited non-CF organoids. We are currently conducting RNA sequencing to survey expression pattern of all genes to definitively determine possible fundamental changes in the CF intestinal epithelium and determining the effect of LPS and flagellin treatment to determine if there is an altered response to inflammatory stimuli. Conclusions iPSC derived HIOs is a novel, patient based, and renewable model that can be used to dissect the primary intestinal pathologies in CF. Transcriptomic data of CF HIOs at steady state will provide insights to possible developmental defects. Complex interactions between the host intestinal epithelia and the commensal microbiome can also be investigated using this model. Funding Agencies CAG
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».