Comprehensive genomic profiling (CGP) of metastatic castrate-sensitive prostate cancer (mCSPC) to reveal potential biomarkers and therapeutic targets.
Notice bibliographique
Résumé
198 Background: Docetaxel and androgen receptor (AR) targeted agents have become standard options for mCSPC. CGP data is limited in mCSPC, however has the potential to guide treatment selection. We aimed to establish the feasibility of using CGP to characterize genomic alterations (GAs) in mCSPC. Methods: Patients with mCSPC were prospectively recruited at the Princess Margaret Cancer Centre to the OCTANE trial (NCT02906943), which aims to establish a genomically-characterized and clinically-annotated patient base that can be enrolled into specific research initiatives. Archival tumour specimens (after clinical testing completed) were profiled using next-generation sequencing (NGS) with a custom hybridization capture DNA-based panel (555 genes) or a targeted DNA/RNA amplicon panel (Oncomine Comprehensive Assay v3, 161 driver gene panel). GAs were classified according to the 2017 AMP/ASCO/CAP consensus recommendation. Clinical data were extracted from electronic health records. Results: Since 2016, 17/31 (55%) mCSPC patients who enrolled had sufficient tissue (15 from primary, 1 lymph node, 1 bone) for CGP. All had adenocarcinoma histology, most had high volume (76%) or de novo (71%) mCSPC. Median presenting PSA was 56 µg/L (range 8.4 – 1394). Patients received docetaxel (88%) or abiraterone (12%). Tier I/II GAs consistent with possible benefit from approved or investigational targeted therapies were identified in 14/17 patients (82%). AR pathway GAs (in 29%) were present regardless of prior androgen deprivation therapy or disease volume. DNA damage repair GAs (in 65%) included BRCA2, ATM, PALB2, MLH1/3, CDK12, FANCA, ERCC4, and SPOP. Other GAs involved the cell cycle, mTOR, EGFR, wnt, hedgehog, notch, and epigenetic pathways. Conclusions: In this small cohort, CGP was feasible in the setting of mCSPC for half of the patients. Potentially actionable GAs were identified in over 80% of patients tested. Pending confirmation from larger cohorts, these data support CGP in mCSPC prior to systemic therapy initiation, and highlight its potential role in future biomarker development and trial design in mCSPC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».