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Enregistrement W3007681757 · doi:10.1093/jcag/gwz047.032

A33 THE ROLE OF A HOMOZYGOUS PROTEIN CODING VARIANT OF EPS8 IN THE PATHOGENESIS OF PEDIATRIC IBD

2020· article· en· W3007681757 sur OpenAlexaff
Kristen B. Long, Neil Warner, Jingyi Pan, Changlong Guo, Aleixo M. Muise

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPathogenesisMissense mutationMutationMedicineInflammatory bowel diseaseCancer researchImmunologyDiseaseBiologyGeneticsPathologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background The rate of onset for Inflammatory Bowel Disease (IBD) is rising worldwide—most significantly in the pediatric population. The pathogenesis of the disease involves a complicated interaction between the environment and genetics. Recent findings suggest that there is a broad range of rare, single-gene mutations that correlate with the IBD phenotype in children. Some of these single-gene defects can disrupt the epithelial barrier, which alters intestinal immune homeostasis. Epidermal Growth Factor Receptor Kinase Substrate 8 (EPS8) is crucial for the stabilization of F-actin by capping and bundling the barbed end. Previous literature shows that loss of expression of EPS8 disrupts the polymerization of F-actin in intestinal microvilli resulting in shortened brush borders. We identified a pediatric IBD patient with a homozygous missense EPS8 mutation(c.2099C>T, I700T) in the actin-binding domain. The patient presented with pancolitis, colonic strictures and other IBD-like symptoms at 6 weeks of age. Currently, the functional role of EPS8 in the pathogenesis of very early-onset IBD remains elusive. Aims 1)To investigate if the patient with EPS8 mutation has microvilli disorganization. 2)To determine EPS8 localization in patient samples and cell models. 3)To clarify the mechanism of how the EPS8 mutation affects F-actin in vitro. Ultimately, we want to clarify how the mutation of EPS8 might contribute to the onset of pediatric IBD. Methods A rare, damaging mutation in EPS8 was identified in a very early-onset IBD patient by Whole Exome Sequencing. From patient-derived colon biopsy samples, the localization of EPS8 and actin was visualized by immunofluorescence (IF) microscopy. The morphology of the patient’s intestinal microvilli was assessed using transmission electron microscopy (TEM). EPS8 expression was measured using western blot. An F-actin polymerization assay was performed comparing purified WT and mutant EPS8 protein to assess the rate of polymerization from monomeric G-actin to F-actin. Results IF microscopy of the colonic sections revealed lower co-localization of EPS8 and actin on the apical surfaces, compared to IBD and normal controls. Closer examination of the cell structure using TEM showed disruption of the microvilli in the EPS8 mutant, but not in IBD or normal controls. Western blots showed no differences in protein expression between wildtype and mutant EPS8 in HEK293T cells. F-actin polymerization assay revealed differences in the rate of G-actin to F-actin polymerization between wildtype and mutant EPS8. Conclusions The patient with EPS8 mutation had microvilli disorganization. EPS8 localized differently in the patient colon tissues compared to normal and IBD control samples. The EPS8 mutation may affect F-actin polymerization, which may lead to disruption of the microvilli. Funding Agencies CIHR

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,188
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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