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Enregistrement W3007821104 · doi:10.1101/2020.02.18.955534

Mutations in <i>TAC1B</i> : a novel genetic determinant of clinical fluconazole resistance in <i>C. auris</i>

2020· preprint· en· W3007821104 sur OpenAlexfundno aff
Jeffrey M. Rybak, José F. Muñoz, Katherine S. Barker, Josie E. Parker, Brooke D. Esquivel, Elizabeth L. Berkow, Shawn R. Lockhart, Lalitha Gade, Glen E. Palmer, Theodore C. White, Steve L. Kelly, Christina A. Cuomo, P. David Rogers

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthBroad InstituteCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésFluconazoleCandida aurisBiologyMicrobiologyGeneGeneticsAntifungal

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Candida auris has emerged as a multidrug-resistant pathogen of great clinical concern. Approximately 90% of clinical C. auris isolates are resistant to fluconazole, the most commonly prescribed antifungal agent, yet it remains unknown what mechanisms underpin this fluconazole resistance. To identify novel mechanisms contributing to fluconazole resistance in C. auris , the fluconazole-susceptible C. auris clinical isolate AR0387 was passaged in media supplemented with fluconazole to generate derivative strains which had acquired increased fluconazole resistance in vitro . Comparative analysis of comprehensive sterol profiles, [ 3 H]-fluconazole uptake, sequencing of C. auris genes homologous to genes known to contribute to fluconazole resistance in other species of Candida , and the relative expression of C. auris ERG11, CDR1 , and MDR1 were performed. All fluconazole-evolved derivative strains were found to have acquired mutations in the zinc-cluster transcription factor-encoding gene, TAC1B , and a corresponding increase in CDR1 expression relative to the parental clinical isolate, AR0387. Mutations in TAC1B were also identified in a set of 304 globally distributed C. auris clinical isolates representing each of the four major clades. Introduction of the most common mutation found among fluconazole-resistant clinical isolates of C. auris into the fluconazole-susceptible isolate AR0387, was confirmed to increase fluconazole resistance by 8-fold, and the correction of the same mutation in a fluconazole-resistant isolate, AR0390, decreased fluconazole MIC by 16-fold. Taken together, these data demonstrate that C. auris can rapidly acquire resistance to fluconazole in-vitro , and that mutations in TAC1B significantly contribute to clinical fluconazole resistance. IMPORTANCE Candida auris is an emerging multidrug-resistant pathogen of global concern, known to be responsible for outbreaks on six continents and commonly resistant to antifungals. While the vast majority of clinical C. auris isolates are highly resistant to fluconazole, an essential part of the available antifungal arsenal, very little is known about the mechanisms contributing to resistance. In this work, we show that mutations in the transcription factor TAC1B significantly contribute to clinical fluconazole resistance. These studies demonstrate that mutations in TAC1B can arise rapidly in vitro upon exposure to fluconazole, and that a multitude of resistance-associated TAC1B mutations are present among the majority of fluconazole-resistant C. auris isolates from a global collection and appear specific to a subset of lineages or clades. Thus, identification of this novel genetic determinant of resistance significantly adds to the understanding of clinical antifungal resistance in C. auris .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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