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Enregistrement W3007968601 · doi:10.1177/0003702820906221

Monitor Ionizing Radiation-Induced Cellular Responses with Raman Spectroscopy, Non-Negative Matrix Factorization, and Non-Negative Least Squares

2020· article· en· W3007968601 sur OpenAlex
Xinchen Deng, Ramie Ali‐Adeeb, Jeffrey L. Andrews, Phillip Shreeves, Julian J. Lum, Alexandre G. Brolo, Andrew Jirasek

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueApplied Spectroscopy · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSpectroscopy Techniques in Biomedical and Chemical Research
Établissements canadiensUniversity of VictoriaUniversity of British Columbia, Okanagan CampusUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNon-negative matrix factorizationRadioresistanceIonizing radiationChemistryPrincipal component analysisGlycogenComputational biologyBiologyCell cultureBiochemistryIrradiationMatrix decompositionComputer scienceGeneticsArtificial intelligencePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Radiation therapy (RT) is one of the most commonly prescribed cancer treatments. New tools that can accurately monitor and evaluate individual patient responses would be a major advantage and lend to the implementation of personalized treatment plans. In this study, Raman spectroscopy (RS) was applied to examine radiation-induced cellular responses in H460, MCF7, and LNCaP cancer cell lines across different dose levels and times post-irradiation. Previous Raman data analysis was conducted using principal component analysis (PCA), which showed the ability to extract biological information of glycogen. In the current studies, the use of non-negative matrix factorization (NMF) allowed for the discovery of multiplexed biological information, specifically uncovering glycogen-like and lipid-like component bases. The corresponding scores of glycogen and previously unidentified lipids revealed the content variations of these two chemicals in the cellular data. The NMF decomposed glycogen and lipid-like bases were able to separate the cancer cell lines into radiosensitive and radioresistant groups. A further lipid phenotype investigation was also attempted by applying non-negative least squares (NNLS) to the lipid-like bases decomposed individually from three cell lines. Qualitative differences found in lipid weights for each lipid-like basis suggest the lipid phenotype differences in the three tested cancer cell lines. Collectively, this study demonstrates that the application of NMF and NNLS on RS data analysis to monitor ionizing radiation-induced cellular responses can yield multiplexed biological information on bio-response to RT not revealed by conventional chemometric approaches.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,060
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle