<i>RADDOSE-XFEL</i>: femtosecond time-resolved dose estimates for macromolecular X-ray free-electron laser experiments
Notice bibliographique
Résumé
For macromolecular structure determination at synchrotron sources, radiation damage remains a major limiting factor. Estimation of the absorbed dose (J kg−1) during data collection at these sources by programs such asRADDOSE-3Dhas allowed direct comparison of radiation damage between experiments carried out with different samples and beam parameters. This has enabled prediction of roughly when radiation damage will manifest so it can potentially be avoided. X-ray free-electron lasers (XFELs), which produce intense X-ray pulses only a few femtoseconds in duration, can be used to generate diffraction patterns before most of the radiation damage processes have occurred and hence hypothetically they enable the determination of damage-free atomic resolution structures. In spite of this, several experimental and theoretical studies have suggested that structures from XFELs are not always free of radiation damage. There are currently no freely available programs designed to calculate the dose absorbed during XFEL data collection. This article presents an extension toRADDOSE-3DcalledRADDOSE-XFEL, which calculates the time-resolved dose during XFEL experiments. It is anticipated thatRADDOSE-XFELcould be used to facilitate the study of radiation damage at XFELs and ultimately be used prior to data collection so that experimenters can plan their experiments to avoid radiation damage manifesting in their structures.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».