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Enregistrement W3008536133 · doi:10.1093/jcag/gwz047.209

A210 ADLERCREUTZIA IS DEPLETED IN UC PATIENTS, EVEN BEFORE CLINICAL DIAGNOSIS, AND INVERSELY CORRELATES WITH FECAL ELASTOLYTIC ACTIVITY

2020· article· en· W3008536133 sur OpenAlexaff
Alba Santiago Badenas, Josie Libertucci, Williams Turpin, Heather J. Galipeau, Kenneth Croitoru, A Caminero Fernandez, Elena F. Verdú

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensMount Sinai HospitalPopulation Health Research InstituteUniversity of TorontoMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésUlcerative colitisFecesImmunologyGastroenterologyDiseaseMicrobiomeMicrobiologyColitisBiologyInternal medicineMedicineBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background A combination of genetics, environmental, and immune factors contribute to the development of ulcerative colitis (UC). Host proteolytic imbalance has been reported in active UC. Preliminary results from our lab suggest microbial proteolytic activity is increased before as well as after onset of UC, and transfer of this activity to mice contributes to inflammation. Aims Our aim was to correlate the elastolytic activity of fecal samples from individuals at risk for IBD, before and after onset of ulcerative colitis, with their fecal microbiota profiles Methods We first investigated proteolytic activity in fecal samples from individuals at risk to develop UC (pre-UC, n=12) prior to disease onset and after UC diagnosis (post-UC, n=7) and matched healthy controls (n=66). Microbial community analysis was performed by sequencing the V4 region of the 16S rRNA gene region using Illumina MiSeq platform. Sequences were analyzed with QIIMEv1.9.0. We measured bacterial proteolytic activity, using a FITC-elastin assay. Results Microbial community analysis revealed that the overall diversity (both richness and evenness) in UC patients was decreased compared to healthy controls as well as pre-UC patients. The relative abundance of the genus Adlercreutzia was decreased by 3.1 fold in pre-UC patients compared to healthy controls and was further decreased in post-UC (3.8 fold). The presence of Adlercreutzia was also found to be negatively correlated (r=-0.47, p<0.0001) with elastolytic activity in stool supernatant, suggesting a possible protective role in the disease. Conclusions We found novel potentially protective bacteria, Adlercreutzia, which was depleted in UC patients, even before clinical diagnosis and correlated negatively with proinflammatory elastolytic activity described previously in IBD. The protective mechanisms are under investigation. On behalf of the CCC-GEM Project consortiumand Supported by a CCC GIA to EFV Funding Agencies CCC

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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