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Enregistrement W3008606495 · doi:10.21037/aes.2019.ab040

AB040. Single-cell transcriptomics identifies cell-specific signatures of pathological angiogenesis

2019· article· en· W3008606495 sur OpenAlexaff
Gaël Cagnone, Sheetal Pundir, Nick Kim, Émilie Heckel, Jin Sung Kim, Perrine Gaub, Florian Wünnemann, Patrick van Vliet, Séverine Leclerc, Grégor Andelfinger, Sylvain Chemtob, Jean‐Sébastien Joyal

Notice bibliographique

RevueAnnals of Eye Science · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAtherosclerosis and Cardiovascular Diseases
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversité de MontréalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPathologicalAngiogenesisTranscriptomeCellComputational biologyCell biologyBiologyCancer researchPathologyMedicineGeneGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: To treat vascular proliferative diseases, anti-VEGF therapies have shown systemic adverse effects attributable to the lack of selectivity between pathological and physiological angiogenesis. Thus, identifying the molecular mechanisms that are only specific to pathological cell types is crucial to develop better precision medicine. Methods: Here, we used different cell type enrichment approaches combined with single-cell RNA sequencing to define the transcriptomic changes within each retinal cell types in a mouse model of ischemic retinopathy. This retinal model develops pathological neovascularization (NV) in response to local hypoxia following oxygen-induced vessel obliteration (P7 to P12). The NV phenotype is characterized by the progressive appearance of vascular tufts resulting from misguided, abnormal proliferation of endothelial cells that we monitored at 3 consecutive time points—P12, P14 and P17 (peak of NV). Results: By following the dynamic response to hypoxia, our experimental design reveals how pathological angiogenesis is specifically associated with significant metabolic adaptations in different subtypes of endothelial cells (i.e., Tips vs Stalk cells). We also identify a pathological subtype of glial cells over-expressing VEGFA and pro-inflammatory IL-1 receptor subunits. This subtype of activated glial cells was targeted using selective IL1R antagonist treatment which reduced glial activation, inflammation, NV and promotes physiological angiogenesis, therefore improving tissue regeneration. Conclusions: Our results illustrate how analyzing cell type heterogeneity in tissues developing pathological angiogenesis allows establishing better targeting therapies to restore vascular integrity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,056
Score d'incertitude au seuil0,447

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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