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Enregistrement W3009379664 · doi:10.1101/2020.03.02.973545

Intragenic Complementation of <i>Cellulose Synthase-Like D1</i> alleles in Root Hair Development

2020· preprint· en· W3009379664 sur OpenAlexafffund
Bogumil J. Karas, Loretta Ross, Mara Novero, Lisa Amyot, Sayaka Inada, Michiharu Nakano, Tatsuya Sakai, Shusei Sato, Jeremy D. Murray, Paola Bonfante, Krzysztof Szczygłowski

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePolysaccharides and Plant Cell Walls
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaWestern University
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésRoot hairLotus japonicusComplementationBiologyMutantATP synthaseLotusRoot noduleCelluloseAlleleSymbiosisBiochemistryGeneticsBotanyGeneBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Root hair cells form the primary interface of plants with the soil environment, playing key roles in nutrient uptake and plant defense. In addition, they are typically the first cells infected by nitrogen-fixing soil bacteria during the root nodule symbiosis. Here we report a role for the Cellulose Synthase-Like D1 ( CSLD1 ) gene in root hair development in Lotus japonicus . CSLD1 belongs to the cellulose synthase protein family that includes cellulose synthases, and cellulose synthase-like proteins, the latter thought to be involved in the biosynthesis of hemicellulose. We describe 11 csld1 mutant alleles that have either short ( Ljcsld1-1 ) or variable length roots hairs ( Ljcsld1-2 to 11 ). Examination of Ljcsld1-1 and one variable-length root hair mutant, Ljcsld1-6 showed increased root hair cell wall thickness, which in Ljcsld1-1 was more pronounced, suggesting a possible link with the defect in root nodule symbiosis. In addition, Ljcsld1-1 heterozygotes had intermediate root hair lengths, between those of wild type and the homozygotes. Intragenic complementation was observed between alleles with mutations in the N-terminal domain and other alleles, suggesting modularity of CSLD1 function and that it may operate as a homodimer or multimer. One sentence summary This research describes novel gain- and loss-of-function mutations at the Lotus japonicus CELLULOSE SYNTHASE-LIKE D1 locus and analyzes their impact on root hair development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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