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Enregistrement W3009749694 · doi:10.1101/2020.03.02.974048

Speed and strength of an epidemic intervention

2020· preprint· en· W3009749694 sur OpenAlexaff
Jonathan Dushoff, Sang Woo Park

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHuman immunodeficiency virus (HIV)Intervention (counseling)Computer scienceScale (ratio)Basic reproduction numberExponential functionPsychological interventionDiseaseExponential growthMathematicsMedicineVirologyPopulationEnvironmental healthGeography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract An epidemic can be characterized by its speed (i.e., the exponential growth rate r ) and strength (i.e., the reproductive number ℛ). Disease modelers have historically placed much more emphasis on strength, in part because the effectiveness of an intervention strategy is typically evaluated on this scale. Here, we develop a mathematical framework for this classic, strength-based paradigm and show that there is a corresponding speed-based paradigm which can provide complementary insights. In particular, we note that r = 0 is a threshold for disease spread, just like ℛ = 1, and show that we can measure the speed and strength of an intervention on the same scale as the speed and strength of an epidemic, respectively. We argue that, just as the strength-based paradigm provides the clearest insight into certain questions, the speed-based paradigm provides the clearest view in other cases. As an example, we show that evaluating the prospects of “test-and-treat” interventions against the human immunodeficiency virus (HIV) can be done more clearly on the speed than strength scale, given uncertainty in the proportion of HIV spread that happens early in the course of infection. We suggest that disease modelers should avoid over-emphasizing the reproductive number at the expense of the exponential growth rate, but instead look at these as complementary measures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,041
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,036

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,041
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,003
Communication savante0,0030,005
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,129
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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