Genetic Diversity Analysis of Five Egyptian Buffalo Populations Using Microsatellite Markers
Notice bibliographique
Résumé
For assessing the genetic diversity and genetic characterization of five Egyptian buffalo populations a total of 12 microsatellite markers were used. The total number of buffaloes sampled was 80, collected at random from five farms in five different governorates; Cairo, Kafr El-Sheikh, Shebeen El-Kom, Menoufia, and Beni Suef. The genetic parameters (allelic diversity, allelic frequencies, observed heterozygosity, unbiased expected heterozygosity, and polymorphic information content) were calculated using three different programs. All used microsatellites were polymorphic and ranged from four alleles (Loci; CSSM029, CSSM036, CSSM038, CSSM043, CSSM046, and ILSTS005) to nine alleles (Loci; BM1818 and CSSM047) with a total of 64 alleles in the whole population. Allelic richness for the whole population ranged between 3.297 (in locus CSSM029) and 6.806 (in locus CSSM047) with overall mean 4.574. Within populations, Kafr El-Sheikh population had the highest average of allelic richness (4.384). This indicates the potential of this population to adapt with environmental changes in future compared with other populations. BMC1013, BM1818, CSSM019, and CSSM047 showed the highest allelic richness. PIC estimates were high and ranged between 0.65 (in locus CSSM029) and 0.92 (in locus CSSM022) with an average of 0.82. Values of Ho were lower than values of HNb for all populations, which denoting depression of heterozygotes in these populations and may be attributable to existence of null alleles and inbreeding. This study as well proves the usefulness of heterologous bovine microsatellite markers in evaluation of the genetic variability in Egyptian buffalo populations due to high polymorphism, informativeness of these markers which can be used to develop future breeding strategies and conservation decisions on our indigenous breed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».