Enregistrement W3010629926 · doi:10.1038/s41587-020-0446-y

MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

2020· letter· en· W3010629926 sur OpenAlexafffund

Christian Lieven, Moritz E. Beber, Brett G. Olivier, Frank Bergmann, Meriç Ataman, Parizad Babaei, Jennifer Bartell, Lars M. Blank, Siddharth Chauhan, Kevin Correia, Christian Diener, Andreas Dräger, Birgitta E. Ebert, Janaka N. Edirisinghe, José P. Faria, Adam M. Feist, Georgios Fengos, Ronan M. T. Fleming, Beatriz García-Jiménez, Vassily Hatzimanikatis, Wout van Helvoirt, Christopher S. Henry, Henning Hermjakob, Markus J. Herrgård, Ali Kaafarani, Hyun Uk Kim, Zachary A. King, Steffen Klamt, Edda Klipp, Jasper J. Koehorst, Matthias König, Meiyappan Lakshmanan, Dong‐Yup Lee, Sang Yup Lee, Sunjae Lee, Nathan E. Lewis, Filipe Liu, Hongwu Ma, Daniel Machado, Radhakrishnan Mahadevan, Paulo Maia, Adil Mardinoğlu, Gregory L. Medlock, Jonathan M. Monk, Jens Nielsen, Lars K. Nielsen, Juan Nogales, Intawat Nookaew, Bernhard Ø. Palsson, Jason A. Papin, Kiran Raosaheb Patil, Mark G. Poolman, Nathan D. Price, Osbaldo Reséndis-Antonio, Anne Richelle, Isabel Rocha, Benjamín J. Sánchez, Peter J. Schaap, Rahuman S. Malik‐Sheriff, Saeed Shoaie, Nikolaus Sonnenschein, Bas Teusink, Paulo Vilaça, Jon Olav Vik, Judith A. H. Wodke, Joana C. Xavier, Qianqian Yuan, Maksim Zakhartsev, Cheng Zhang

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2020

Typeletter

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueMicrobial Metabolic Engineering and Bioproduction

Établissements canadiensUniversity of Toronto

Organismes subventionnairesArgonne National LaboratoryCentro Nacional de BiotecnologíaBiological and Environmental ResearchNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteInstituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de LisboaMax Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems MagdeburgBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthAdvanced Scientific Computing ResearchGerman Network for Bioinformatics InfrastructureNovo Nordisk FondenUniversity of California, San DiegoNorges Miljø- og Biovitenskapelige UniversitetEli Lilly and CompanyDanmarks Tekniske UniversitetRWTH Aachen UniversityKorea Advanced Institute of Science and TechnologyHumboldt-Universität zu BerlinKnut och Alice Wallenbergs StiftelseUniversidad Politécnica de MadridRural Development AdministrationU.S. National Library of MedicineChalmers Tekniska HögskolaHanzehogeschool GroningenSungkyunkwan UniversityUniversiteit LeidenSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungEberhard Karls Universität TübingenSchool of Medicine, University of California, San DiegoUniversidade Nova de LisboaNorges ForskningsrådKungliga Tekniska HögskolanNational Center for Complementary and Integrative HealthVrije Universiteit AmsterdamUniversity of TorontoChinese Academy of SciencesOxford Brookes UniversityDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Research FoundationInnovationsfondenBundesministerium für Bildung und ForschungWellcome TrustMinistry of Science and ICT, South KoreaCoordinación de la Investigación CientíficaEuropean Molecular Biology LaboratoryNovo NordiskConsejo Superior de Investigaciones CientíficasAgency for Science, Technology and ResearchDeutsches Zentrum für InfektionsforschungWageningen University and ResearchCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationUniversity of Arkansas for Medical SciencesBill and Melinda Gates FoundationInstituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y AlimentariaUniversidade do MinhoW. M. Keck FoundationKing's College LondonEuropean Bioinformatics InstituteWashington Research FoundationEuropean CommissionU.S. Department of EnergyUniversity of QueenslandScience for Life LaboratoryNational Science Foundation

Mots-clésEuropean unionExcellencePolitical scienceLibrary scienceEuropean commissionBasic researchResearch councilPublic administrationManagementBusinessEconomicsInternational tradeComputer scienceGovernment (linguistics)LawPhilosophy

DOI10.1038/s41587-020-0446-y

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,009

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesMétarecherche

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet

GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune

Score de désaccord entre enseignants0,993

Score d'incertitude au seuil0,126

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,007	0,009
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,001	0,001
Méta-épidémiologie (sens large)	0,001	0,001
Bibliométrie	0,001	0,001
Études des sciences et des technologies	0,001	0,001
Communication savante	0,002	0,003
Science ouverte	0,003	0,003
Intégrité de la recherche	0,008	0,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,038	0,027

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010

Tête enseignante GPT0,230

Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle