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Enregistrement W3011105644 · doi:10.1101/2020.03.13.20035501

Newborn Differential DNA Methylation and Subcortical Brain Volumes as Early Signs of Severe Neurodevelopmental Delay in a South African Birth Cohort Study

2020· preprint· en· W3011105644 sur OpenAlexaff
Anke Hüls, Catherine J. Wedderburn, Nynke A. Groenewold, Nicole Gladish, Meaghan J. Jones, Nastassja Koen, Julia L. MacIsaac, David Lin, Katia E. Ramadori, Michael P. Epstein, Kirsten A. Donald, Michael S. Kobor, Heather J. Zar, Dan J. Stein

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of ManitobaChildren's Hospital Research Institute of ManitobaPacific Centre for Reproductive MedicineUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institutes of HealthFogarty International CenterHarry Crossley FoundationNational Research FoundationDeutsche ForschungsgemeinschaftMedical Research CouncilSouth African Medical Research CouncilWellcome TrustBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésdNaMCord bloodBrain sizeBayley Scales of Infant DevelopmentMedicineNeurodevelopmental disorderCohortPediatricsDNA methylationPsychologyMagnetic resonance imagingInternal medicineCognitionAutismBiologyPsychiatryGeneticsPsychomotor learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objective The first two years of life are a critical period of rapid brain development. Since early neurodevelopment is influenced by prenatal risk factors and genetics, neonatal biomarkers can potentially provide the opportunity to detect early signs of neurodevelopmental delay. We analyzed associations between DNA methylation (DNAm) levels from cord blood, neonatal magnetic resonance imaging (MRI) neuroimaging data, and neurodevelopment at two years of age. Methods Neurodevelopment was assessed in 161 children from the South African Drakenstein Child Health Study at two years of age using the Bayley Scales of Infant and Toddler Development III. We performed an epigenome-wide association study of neurodevelopmental delay using DNAm levels from cord blood. A mediation analysis was conducted in 51 children to analyze if associations between differential DNAm and neurodevelopmental delay were mediated by altered neonatal brain volumes. Results We found epigenome-wide significant associations between differential DNAm at the SPTBN4 locus (cg26971411, p-value=3.10×10 −08 ), an intergenic region on chromosome 11 (cg00490349, p-value=2.41×10 −08 ) and a differentially methylated region on chromosome 1 (FDR p-value for the region=9.06×10 −05 ) and severe neurodevelopmental delay. While these associations were not mediated by neonatal brain volume, neonatal caudate volumes were independently associated with neurodevelopmental delay, particularly in language (p=0.0443) and motor (p=0.0082) domains. Conclusion Differential DNAm levels from cord blood and increased neonatal caudate volumes were independently associated with severe neurodevelopmental delay at two years of age. These findings suggest that neurobiological signals for severe developmental delay may be detectable in very early life with implications for identification and intervention design.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil0,059

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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