Computational studies of DNA repair: Insights into the function of monofunctional DNA glycosylases in the base excision repair pathway
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The information contained within DNA as a sequence of nucleobases is required for life of most organisms, yet can get altered when the nucleobases are damaged upon exposure to many internal (hormones) and external (ultraviolet sunlight, pollutants) sources. As a result, repair pathways exist to combat the potentially detrimental effects of DNA damage. Nonbulky nucleobase damage (nucleobase oxidation, alkylation and deamination) is commonly removed by the base excision repair (BER) pathway, which involves several enzymes. The first BER enzymes are the DNA glycosylases, which are responsible for identifying the damaged base, flipping the base into the enzyme active site and removing the damaged nucleobase from the sugar–phosphate backbone. Due to the stability of many forms of damaged DNA, the DNA glycosylases must achieve great catalytic power. Understanding the mechanistic details associated with DNA glycosylases is essential for developing detection and treatment strategies for many diseases as abnormal glycosylase function has been associated with cancers, metabolic dysfunctions, neurodegeneration and epigenetic programming during embryo development. Molecular level insight into the function of a wide range of DNA glycosylases has been obtained from computational chemistry, including quantum mechanical cluster calculations, combined quantum mechanics‐molecular mechanics approaches and molecular dynamics simulations. By discussing some of the modeling that has been performed to date on monofunctional DNA glycosylases, the key contributions of the field of computational chemistry to broadening our understanding of the function of this important enzyme family, as well as the critical interplay between traditional biochemical experiments and computer calculations, is highlighted. This article is categorized under: Structure and Mechanism > Reaction Mechanisms and Catalysis Structure and Mechanism > Computational Biochemistry and Biophysics Electronic Structure Theory > Combined QM/MM Methods
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».