Intergenic Spacer Single Nucleotide Polymorphisms for Genotyping Amylostereum areolatum (Russulales: Amylostereacea) Symbionts of Native and Non-native Sirex Species
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In North America Amylostereum areolatum (Chaillet ex Fr.) Boidin is a fungal symbiont associated with both the non-native Sirex noctilio Fabricius (Hymenoptera: Siricidae) and less commonly the native Sirex nigricornis Fabricius (Hymenoptera: Siricidae) woodwasps. The relationship between S. noctilio and A. areolatum constitutes a serious threat to pine plantation in the southern hemisphere. Studies have shown evidence of exchange of symbionts between non-native and native Sirex species. Our objectives were 1) to identify and assemble a panel of rDNA intergenic spacer–single nucleotide polymorphisms (IGS-SNPs) for genotyping strains of A. areolatum symbionts associated with Sirex species in North America, and 2) to develop genetic markers for monitoring the spread of specific A. areolatum haplotypes associated with S. noctilio across regions. The IGS-SNPs panel analyzed included haplotypes B1, B2, D1, D2 (from known IGS type B and D), E, and F. Genetic markers and haplotype-specific primers were designed to detect the IGS haplotypes D and E of A. areolatum. We found that haplotype D was absent in A. areolatum from S. nigricornis in Louisiana, while haplotype E was detected in all A. areolatum from S. nigricornis in Canada and Louisiana. Both haplotype D and E were co-detected in approximately 5% of samples from Canada. The IGS-SNP markers detected specific haplotypes accurately. Observing haplotype D in any A. areolatum from the native S. nigricornis likely indicates the presence of the potentially harmful S. noctilo-A. areolatum complex. The work highlights how IGS-SNPs can help in early detection without direct occurrence/observations of the non-native species of concern.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».