A concerted cell and serum proteomic approach for the identification of oral squamous cell carcinoma biomarkers
Notice bibliographique
Résumé
5512 Background: Head and neck squamous cell carcinoma is the sixth most common cause of cancer deaths in the world. Despite extensive research, the 5-year survival rates have not changed significantly over the last decade. Presently, the lack of serum biomarkers for head and neck carcinoma limits early diagnosis and treatment monitoring of advanced disease. In this study, we used a proteomic approach on serum from mice bearing human oral squamous cell carcinoma xenografts and from conditioned cell culture medium from matched cell lines. Methods: Oral squamous cell carcinomas, with distinct invasive phenotypes, and adjacent normal tissue were obtained from human patients, and were transplanted orthotopicaly into tongues of RAG-2/γ(c) mice. After a 20% weight loss, the mice were sacrificed by exsanguinations. Two distinct proteomic protocols were used to analyze the mouse serum. The first involved albumin depletion followed by two-dimensional gel electrophoresis and MALDI. The second arm utilized the same albumin depletion followed by multidimensional-protein-information-technology (ESI-LC and MS/MS). The top candidate proteins, which were differentially expressed in the cancer bearing mice compared to matched controls were then validated by Western blot, immunoprecipitation, immunofluorescence, and/or immunohistochemistry analyses using mouse serum and conditioned medium from matched cell lines. Results: Orthotopic implantation of human tumor tissues in mouse tongue was successful in 100% of the mice tested. The human origin of these tumors was confirmed pathologically. A correlation between disease stages and invasiveness was observed. We identified over one hundred proteins as being differentially expressed between control and cancer-bearing mice (p < 0.05), including proteins involved in cell cytoskeleton signaling. The expression of these proteins was then validated in mouse serum, tissue xenografts, and conditioned medium from oral cancer matched established cell lines. Conclusion: We report the first proteomic in-vivo model of oral cancer for the identification of low molecular weight serum biomarkers. We identified candidates that can be exploited as potential markers for diagnosis of human oral squamous cell carcinoma. No significant financial relationships to disclose.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».