Diurnal proteomics and biomarker discovery in indolent versus aggressive chronic lymphocytic leukemia patients.
Notice bibliographique
Résumé
10622 Background: In rodents, 10-20% of the genome has a 24-hour (h) rhythm in RNA expression. A molecular clock consisting of transcription / translation feedback loops of clock-genes controls this rhythmicity. In a microarray study (Affymetrix HG_U133_Plus2 chip) on RNA extracted from CLL cells sampled every 4 hours over 24 hours (6 samples) from 3 male (M) and 6 female (F) patients (pts) with chronic lymphocytic leukemia (CLL) we found 15,094 and 13,415 rhythmic transcripts (Cosinor analysis) in M and F respectively, only 6,629 of which were common to both M and F. We hypothesized that these gender differences in rhythmic RNA expression might have clinical implication for biomarker discovery with some important biomarkers only found at a certain times of day and with gender differences. Methods: Sampling was performed again at 6 time points in M and F CLL patients with indolent CLL (10pts, 5 M, 5F) and aggressive CLL (10 pts, 5M, 5F). An 8-plex iTRAQ kit was employed for mass spectrometry (MS) based relative quantification. Each iTRAQ block comprised all time-points for a single patient including a universal control. Results: At least 300 proteins were identified at a 95% confidence level in each iTRAQ experiment. Of these, 74 proteins displayed significant change between aggressive and indolent pts in 24-hour average or single time point normalized expression based on a non-parametric U-test (p<0.05). The JTK_CYCLE algorithm was used to detect 24-hour rhythmic patterns in the proteomic datasets. Significant rhythmic expression was found for 44 proteins (p<0.10) identified by iTRAQ. Data for each time point were independently analyzed using an in-house Butterfly clustering algorithm based on discrete dynamical systems. The 4 PM time point was found to be optimal for stratifying aggressive and indolent disease. Cellular pathways with significant association to differentially expressed proteins included PPAR signaling, fatty acid metabolism, and granzyme-A signaling. Confirmation by selected reaction monitoring (SRM) MS is ongoing. Conclusions: Rhythmic protein expression may have clinical implications for biomarker discovery.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».