Molecular characterization of the unique Peptidase A Allele within a population of Sorex cinereus on Bon Portage Island, Nova Scotia
Notice bibliographique
Résumé
The population of masked shrews, Sorex cinereus, found on Bon Portage Island, N.S., has been shown to have a high frequency of a unique allele for the digestive enzyme Peptidase A (PEP A; E.C. 3.4.13.18). As well, these shrews feed upon the amphipod Platorchestia platensis, the sand flea, which is a unique characteristic of this population of shrews. It has been hypothesized that this unique allele for PEP A may be a molecular adaptation to this abundant food source. The goal of this project was to amplify and sequence the unique PEP A allele as well as the common mainland allele. As a first step, known mammalian PEP A sequences were downloaded from the GenBank database and aligned. Seven forward and seven reverse polymerase chain reaction (PCR) primers were designed to amplify different sections of the PEP A gene. Complementary DNA (cDNA) was first generated from RNA using reverse transcription. PCR amplification was conducted with the cDNA using the newly designed primers. Resulting PCR products were then inserted into a plasmid vector and cloned. The purified plasmids were then sequenced at the McGill University and Génome Québec Innovation Center. A search of the GenBank database revealed these sequences were most similar to a segment of DNA within the Sorex araneus genome. Further, the search revealed the PCR amplification product to be highly similar to a Pepsinogen 1 gene as well as a segment of the X chromosome of humans and chimpanzees. The human and chimpanzee X chromosome is homologous to the "de" chromosome in Sorex araneus, which is the chromosomal region to which the PEP A gene has been mapped. A primer specific to the sequenced PCR product was designed and along with a poly T primer the entire gene, possibly PEP A, to which the PCR product belongs was amplified. In summary, these bioinformatic comparisons suggest that this segment could be a portion of a peptidase gene but further analysis will be required to determine precisely which member of the family of peptidase genes has been sequenced.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».