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Enregistrement W3012131425 · doi:10.33540/217

Viral evasion of cellular stress responses

2020· dissertation· en· W3012131425 sur OpenAlexfundno aff
H.H. Rabouw

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA regulation and disease
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesErasmus Medisch CentrumMcGill UniversityLeids Universitair Medisch CentrumUniversity of Wisconsin-Madison
Mots-clésRNA silencingBiologyMode of actionViral replicationTranslation (biology)VirologyStress granuleCoronavirusGene silencingMDA5Function (biology)Cell biologyComputational biologyRNAVirusGeneticsCoronavirus disease 2019 (COVID-19)RNA interferenceGeneMedicineMessenger RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

from the A site to the P site.The previous tRNA will simultaneously be transferred to the exit (E) site and leave the ribosome.Once an in-frame stop codon in the mRNA is recognized by the eukaryotic release factor eRF1, the peptide chain is released from the tRNA and the protein is finished.Translation initiation is tightly regulated by several different pathways, such as the integrated stress response (ISR).The ISR comprises a complex network of sensor, mediator, and effector proteins, that together detect and respond to cellular stress.In mammalian cells, four different sensor proteins can be activated by a plethora of different stressors, via mechanisms that are often incompletely understood.Upon detection of their respective stressor, the ISR sensor proteins phosphorylate a conserved residue, S51, in the alpha subunit of translation initiation factor 2 (eIF2α).Phosphorylated eIF2 (p-eIF2) binds and sequesters the eIF2-specific guanidine exchange factor (GEF) eIF2B, thereby interfering with GDP/GTP exchange on native eIF2.As this is a crucial step in the recycling of eIF2•GDP into a TC, p-eIF2 effectively represses translation.Counterintuitively, under conditions of stress, a selection of mRNAs is more efficiently translated.The ensuing ISR-induced proteins have functions that help cells deal with stress situations, which will be addressed in more detail later in this introduction.Collectively, ISR-mediated inhibition of general translation conserves energy, and together with the enhanced synthesis of a subset of stress-related proteins, it alters the cells proteome to optimize the chances to restore cellular homeostasis. ISR sensor proteinsMammalian cells have four different ISR sensor proteins, Protein Kinase R (PKR), PKR-like ER-resident kinase (PERK), Heme Responsive Inhibitor (HRI), and General Control Non-derepressible 2 (GCN2) (Fig 1).These proteins differ in their activation domain, and thus in the types of stressors they respond to.Upon detection of their respective stressors, they activate by homodimerization and autophosphorylation, and subsequently phosphorylate eIF2 via a largely conserved eIF2α kinase domain.PKR activity is negatively affected by inhibitory sequences in its N-terminal domain, which encompasses two double-stranded RNA binding domains (dsRBDs) (1).Cytoplasmic dsRNAs, which are a danger signal that can indicate for example mitochondrial leakage or viral infections (2), bind these dsRBDs and lift the inhibitory effect, thus activating PKR.For efficient dimerization and subsequent activation, both dsRBDs of two separate PKR molecules interact with the same dsRNA (3).Consequently, PKR is inhibited by excessive amounts of dsRNA which cause separate PKR molecules to interact with different dsRNAs(4).Besides its ability to respond to dsRNA, PKR can also be activated independently of dsRNA, via interaction with PACT.An interaction of PKR with PACT, like an interaction Interference in Viral Protein Synthesis.J.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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