Re-examination of Rule-Based Methods in Deidentification of Electronic Health Records: Algorithm Development and Validation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Deidentification of clinical records is a critical step before their publication. This is usually treated as a type of sequence labeling task, and ensemble learning is one of the best performing solutions. Under the framework of multi-learner ensemble, the significance of a candidate rule-based learner remains an open issue. OBJECTIVE: The aim of this study is to investigate whether a rule-based learner is useful in a hybrid deidentification system and offer suggestions on how to build and integrate a rule-based learner. METHODS: We chose a data-driven rule-learner named transformation-based error-driven learning (TBED) and integrated it into the best performing hybrid system in this task. RESULTS: On the popular Informatics for Integrating Biology and the Bedside (i2b2) deidentification data set, experiments showed that TBED can offer high performance with its generated rules, and integrating the rule-based model into an ensemble framework, which reached an F1 score of 96.76%, achieved the best performance reported in the community. CONCLUSIONS: We proved the rule-based method offers an effective contribution to the current ensemble learning approach for the deidentification of clinical records. Such a rule system could be automatically learned by TBED, avoiding the high cost and low reliability of manual rule composition. In particular, we boosted the ensemble model with rules to create the best performance of the deidentification of clinical records.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,054 | 0,085 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».