Structural analysis of the binding of <i>myo</i> ‐inositol pentakisphosphates by the C‐terminal PH domain of pleckstrin
Notice bibliographique
Résumé
Pleckstrin, the major substrate of protein kinase C in platelets, contains prototypic N‐ and C‐terminal pleckstrin homology (PH) domains believed to mediate the binding of the protein to signaling phospholipids. The C‐terminal PH domain of pleckstrin (C‐PH) binds particularly well to phosphatidylinositol 3,4‐bisphosphate [PtdIns(3,4) P 2 ]. The relative abilities of different myo ‐inositol phosphates to inhibit the binding of C‐PH to large unilamellar vesicles containing 5 mol% PtdIns(3,4) P 2 were evaluated. Unexpectedly, Ins(1,3,4) P 3 was a poor inhibitor (IC 50 , ~60 μM), whereas the two pentakisphosphates, Ins(1,2,3,5,6) P 5 and Ins(1,2,3,4,5) P 5 were strong inhibitors (IC 50 values 2.2 μM and <1.0 μM, respectively). X‐ray crystal structures of C‐PH in the unbound (2.1 Å), Ins(1,2,3,5,6) P 5 ‐bound (1.35 Å) and Ins(1,2,3,4,5) P 5 ‐bound (1.65 Å) forms were obtained. This structural analysis showed that the binding pocket undergoes a facilitatory conformational change upon ligand binding. In addition, two different patterns of interaction between specific inositol phosphate residues and specific amino acids in the C‐PH binding pocket were observed, demonstrating that C‐PH is able to bind different inositol phosphates in distinct ways. This work was funded by grants to RH and MJ from the Canadian Institutes of Health Research. SGJ is a recipient of a Canadian Institutes of Health Research Master's Award.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».