Reconstructing the Phylogeny of Corynebacteriales while Accounting for Horizontal Gene Transfer
Notice bibliographique
Résumé
Horizontal gene transfer is a common mechanism in Bacteria that has contributed to the genomic content of existing organisms. Traditional methods for estimating bacterial phylogeny, however, assume only vertical inheritance in the evolution of homologous genes, which may result in errors in the estimated phylogenies. We present a new method for estimating bacterial phylogeny that accounts for the presence of genes acquired by horizontal gene transfer between genomes. The method identifies and corrects putative transferred genes in gene families, before applying a gene tree-based summary method to estimate bacterial species trees. The method was applied to estimate the phylogeny of the order Corynebacteriales, which is the largest clade in the phylum Actinobacteria. We report a collection of 14 phylogenetic trees on 360 Corynebacteriales genomes. All estimated trees display each genus as a monophyletic clade. The trees also display several relationships proposed by past studies, as well as new relevant relationships between and within the main genera of Corynebacteriales: Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia, Rhodococcus, and Gordonia. An implementation of the method in Python is available on GitHub at https://github.com/UdeS-CoBIUS/EXECT (last accessed April 2, 2020).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».