Exploring control region variability in Striped Bass (Morone saxatilis) mitochondrial DNA for use in characterizing populations
Notice bibliographique
Résumé
In the past 30 years Striped Bass populations have declined along the eastern coast of North America, and Canadian populations are considered threatened (COSEWIC, 2004). Historically, there were at least five separate spawning populations. Currently only two populations remain in Atlantic Canada located in the Shubenacadie (NS) and Miramichi (NB) Rivers. For this study the U.S.A. is considered a single population. Distinguishing among populations is important so that changes in population size can be monitored through catch data and to help management practices that are generally population specific. To differentiate populations of Striped Bass, the use of meristics, morphometrics and, more recently, DNA analysis have been used. This study was undertaken to determine if Atlantic Canada Striped Bass populations could be differentiated using the mitochondrial control region, and to characterize control region variability. During May and June of 2008 and 2010, fin clip tissue samples were taken from Striped Bass spawning on the Shubenacadie River by local anglers. Using 5AS and R2RC primers, a portion of the mitochondrial control region was sequenced. These sequences are representative of the Shubenacadie River population. During July and August, Striped Bass fin clips were taken from the Gaspereau River, the Guzzle, and Five Islands in Nova Scotia. These fish probably represent a mixed population (Canada and U.S.A.). Samples were analyzed using neighbour joining and maximum parsimony phylogenetic trees. Variability within the mitochondrial control region was very low. Therefore, populations within the Bay of Fundy could not be differentiated using this genomic region. More research is needed to conclude that mitochondrial control region sequences are not useful in differentiating populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».