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Enregistrement W3012448306 · doi:10.3389/fgene.2020.00216

Exploring Phenotypes for Disease Resilience in Pigs Using Complete Blood Count Data From a Natural Disease Challenge Model

2020· article· en· W3012448306 sur OpenAlexafffund
Xuechun Bai, Austin M. Putz, Zhiquan Wang, Frédéric Fortin, John C. S. Harding, Michael K. Dyck, Jack C. M. Dekkers, Catherine J. Field, Graham Plastow, PigGen Canada

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueAnimal Disease Management and Epidemiology
Établissements canadiensCentre de Développement du Porc du QuébecUniversity of SaskatchewanUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesMinistero dello Sviluppo EconomicoUniversity of AlbertaSwine Innovation PorcGenome AlbertaAlberta Agriculture and ForestryGenome Canada
Mots-clésDiseasePhenotypeCount dataResilience (materials science)BiologyComplete blood countClinical phenotypeComputational biologyGeneticsMedicineImmunologyStatisticsGeneInternal medicineMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Disease resilience is a valuable trait to help manage infectious diseases in livestock. It is anticipated that improved disease resilience will sustainably increase production efficiency, as resilient animals maintain their performance in the face of infection. The objective of this study was to identify phenotypes related to disease resilience using complete blood count (CBC) data from a wean-to-finish natural disease challenge model, established to mimic the disease pressure caused by many common pathogens at the commercial level of pig production. In total, 2433 crossbred Landrace and Yorkshire barrows that went through the natural disease challenge model were classified into four groups (resilient, average, susceptible, and dead) based on their divergent responses in terms of growth and individual treatment. Three sets of blood samples for CBC analysis were drawn at 2-weeks before, and at 2- and 6-weeks after the challenge: Blood 1, Blood 3, and Blood 4 respectively. CBC of Blood 1 taken from healthy pigs before challenge did not show differences between groups. However, resilient animals showed significantly higher increases in the concentration of lymphocytes from Blood 1 to Blood 3 at the early stage of infection, and for hemoglobin concentration and hematocrit from Blood 3 to Blood 4 at the late stage of infection (FDR < 0.05). The changes of neutrophil concentration from Blood 3 to Blood 4 in resilient and average animals were significantly lower than in susceptible and dead animals (FDR < 0.05). These results suggest that CBC traits could indicate a change in resource allocation between immunity and productivity following infection. Resilient animals are expected to show a faster initiation of adaptive immune responses and allocate more resources towards immunity during the infection stage. Therefore, resilient animals may recover earlier from infection, which could subsequently allow them to allocate more resources for maintaining high rates of production. The CBC traits in response to the challenge were found to be heritable and genetically correlated with growth and treatment, which may indicate the potential for developing CBC under disease or commercial conditions as a phenotype for genomic prediction of resilience by collecting data from commercial systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,726
Score d'incertitude au seuil0,380

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,316
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,028 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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