Comparison of transcriptomes from two chemosensory organs in four decapod crustaceans reveals hundreds of candidate chemoreceptor proteins
Notice bibliographique
Résumé
Crustaceans express genes for at least three classes of putative chemosensory proteins. These are: Ionotropic Receptors (IRs), derived from the heterotetrameric ionotropic glutamate receptors (iGluRs); Transient Receptor Potential (TRP) channels, a diverse set of sensor-channels that include several families of chemoreceptor channels; and Gustatory Receptor Like receptors (GRLs), ionotropic receptors that are homologues of Gustatory Receptors (GRs) of insects and are expressed sparingly in most crustaceans so far studied. IRs are typically numerically the most dominant of these receptor proteins in crustaceans and include two classes: co-receptor IRs, which are necessary for making a functional receptor-channel; and tuning IRs, whose specific combination in the IR subunits in the heterotetramer confers chemical specificity. Previous work showed that the transcriptomes from two major chemosensory organs-the lateral flagellum of the antennule (LF) and the tips of the legs (dactyls)-of the Caribbean spiny lobster Panulirus argus express four co-receptor IRs and over 100 tuning IRs. In this paper, we examined and compared the transcriptomes from the LF and dactyls of P. argus and three other decapod crustaceans-the clawed lobster Homarus americanus, red swamp crayfish Procambarus clarkii, and the blue crab Callinectes sapidus. Each species has at least ca. 100 to 250 IRs, 1 to 4 GRLs, and ca. 15 TRP channels including those shown to be involved in chemoreception in other species. The IRs show different degrees of phylogenetic conservation: some are arthropod-conserved, others are pancrustacean-conserved, others appear to be crustacean-conserved, and some appear to be species-specific. Many IRs appear to be more highly expressed in the LF than dactyl. Our results show that decapod crustaceans express an abundance of genes for chemoreceptor proteins of different types, phylogenetic conservation, and expression patterns. An understanding of their functional roles awaits determining their expression patterns in individual chemosensory neurons and the central projections of those neurons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».