DNA methylation classification in diffuse glioma shows little spatial heterogeneity after adjusting for tumor purity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Intratumoral heterogeneity is a hallmark of diffuse gliomas. We used neuronavigation to acquire 133 image-guided and spatially-separated stereotactic biopsy samples from 16 adult patients with a diffuse glioma, which we characterized using DNA methylation arrays. Samples were obtained from regions with and without imaging abnormalities. Methylation profiles were analyzed to devise a three-dimensional reconstruction of genetic and epigenetic heterogeneity. Molecular aberrations indicated that tumor was found outside imaging abnormalities, underlining the infiltrative nature of this tumor and the limitations of current routine imaging modalities. We demonstrate that tumor purity is highly variable between samples and largely explains apparent epigenetic spatial heterogeneity. Indeed, we observed that DNA methylation subtypes are highly conserved in space after adjusting for tumor purity. Genome-wide heterogeneity analysis showed equal or increased heterogeneity among normal tissue when compared to tumor. These findings were validated in a separate cohort of 61 multi-sector tumor and 64 normal samples. Our findings underscore the infiltrative nature of diffuse gliomas and suggest that heterogeneity in DNA methylation is innate to somatic cells and not a characteristic feature of this tumor type.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».