Spatio-Temporal and Cultivar-Dependent Variations in the Cannabis Microbiome
Notice bibliographique
Résumé
The incipient legalization and commercialization of Cannabis sativa in Canada have promulgated research into characterizing the plant’s microbiome as it promotes many facets of plant growth and health. The emblematic production of commercially important secondary metabolites, namely tetrahydrocannabinol (THC), cannabidiol (CBD) and terpenes, has warranted investigating the modulating capacity of these molecules on the plant microbiome. C. sativa cultivars can be classified into chemotypes depending on the relative levels of THC and CBD they produce; their biosynthesis also varies spatially and temporally during the life cycle of the plant. To study the differential microbiome structure and diversity between cultivars in a spatio-temporal manner, we extracted microbial DNA from the rhizosphere, endorhizosphere and phyllosphere during the entire life cycle of three different chemotypes; CBD Yummy (<1% THC/13% CBD), CBD shark (6% THC/10% CBD) and Hash plant (14% THC/<1% CBD). Illumina marker gene sequencing of bacterial (16S) and fungal (ITS) communities were coupled to the QIIME2, PICRUSt and LEfSe pipelines for analysis. Our study describes spatio-temporal and cultivar-dependent variations in the fungal and bacterial microbiome of C. sativa, and details strong cultivar-dependent variance in the belowground microbiome. Furthermore, the predicted pathway abundance of the bacterial microbiome is concomitantly subject to spatio-temporal variations; pathways related to lipid, amino acid, glucose and pentose metabolism were noteworthy. These results describe, for the first time, spatio-temporal and cultivar-dependent variations in the microbiome of C. sativa produced under strict commercial settings. Describing the microbiome is the first step in discoveries that could help in engineering a plant growth and health promoting microbiome in future works.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».