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Enregistrement W3013500133 · doi:10.1099/ijsem.0.004122

Antarcticibacterium arcticum sp. nov., a bacterium isolated from marine sediment of the Canadian Beaufort Sea

2020· article· en· W3013500133 sur OpenAlexaboutno aff
Yung Mi Lee, Kiwoon Baek, Dong‐Hun Lee, Yerin Park, Seung Chul Shin, Young Keun Jin

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clés16S ribosomal RNABeaufort seaBiologyPhylogenetic treeStrain (injury)Genusgenomic DNABacteriaBotanyGeneGeneticsEcologyAnatomyArctic

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A Gram-stain-negative, aerobic, yellow-pigmented, flexirubin-negative, rod-shaped and non-motile bacterial strain, PAMC 28998T, was isolated from a surface sediment sample collected from the Canadian Beaufort Sea. Strain PAMC 28998T grew at 4–37 °C (optimum, 25 °C), at pH 7.0–9.0 (optimum, pH 7.5) and in the presence of 1.0–10.0 % (w/v) NaCl. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence revealed that strain PAMC 28998T belongs to the genus Antarcticibacterium showing the highest sequence similarity (96.8 %) with Antarcticibacterium flavum JB01H24T. The average nucleotide identity and genome-to-genome distance values between PAMC 28998T and the most closely related species ( A. flavum JB01H24T) were 74.1 and 18.5 %, respectively, indicating that strain PAMC 28998T is clearly distinguished from A. flavum . The genomic DNA G+C content calculated from genome sequences was 39.8 %. The major fatty acids (>10 %) were iso-C15 : 0 (19.5 %), anteiso-C15 : 0 (18.0 %), iso-C16 : 0 (11.6 %) and summed feature 3 (C16:1 ω6c and/or C16:1 ω7c; 11.4 %). The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, aminoglycolipid, two unidentified aminolipids, three unidentified phospholipids and four unidentified lipids. The major respiratory quinone was MK-6. Based on the phylogenetic, genomic and phenotypic data presented here, strain PAMC 28998T is considered to represent a novel species of the genus Antarcticibacterium , for which the name Antarcticibacterium arcticum sp. nov. is proposed with the strain PAMC 28998T (=KCCM 43316 T=JCM 33514T).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,526
Score d'incertitude au seuil0,942

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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