Abstract B103: Molecular heterogeneity of gastric cancer explained by methylation-driven key regulators
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gastric cancer (GC) is a heterogeneous disease in which diverse genetic, genomic, and epigenetic alterations can accumulate in different molecular and histologic subtypes. Tumor microenvironment (TME) also contributes to the heterogeneity of GC. To investigate what molecular features of tumor cells drive GC heterogeneity, we developed an integrative causal model, called Integrative Sequential Causality Test (ISCT), to identify key regulators of GC by integrating DNA methylation, copy number variation, and transcriptomic data. Applying ISCT to three GC cohorts that contain methylation, CNV, and gene expression data, 11 common methylation-driven key regulators were identified: ADHFE1, CDO1, CRYAB, FSTL1, GTP, PKP3, PTPRCAP, RAB25, RHOH, SFN, and SORD. Based on these 11 genes, gastric tumors resolved into three groups that were associated with known molecular subtypes, Lauren classification, tumor stage, and patient survival, suggesting significance of the methylation-driven key regulators in molecular and histologic heterogeneity of GC. We also investigated the relationship between TME and the methylation-driven key regulators and showed that both immune/stromal proportions in TME and tumor cell genomics variations contributed to expression variations of the methylation-driven key regulators. Especially, FSTL1, significantly associated with patient survival and tumor progression as well as stromal proportion in TME, was expressed at high level in both stromal and cancer cells, indicating its potential role in mediating tumor-stroma interactions. In summary, this study suggests that genetic, genomic, and epigenetic alterations as well as their interactions with TME contribute to heterogeneity of GC. Citation Format: Seungyeul Yoo, Quan Chen, Li Wang, Wenhui Wang, Ankur Chakravarthy, Rita Busuttil, Alex Boussioutas, Tim R. Fenton, Jiangwen Zhang, Xiaodan Fan, Seut-Yi Leung, Jun Zhu. Molecular heterogeneity of gastric cancer explained by methylation-driven key regulators [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Tumor Immunology and Immunotherapy; 2019 Nov 17-20; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2020;8(3 Suppl):Abstract nr B103.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».