A Systematic Analysis of Interactions between Environmental Risk Factors and Genetic Variation in Susceptibility to Colorectal Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: The underlying etiology of colorectal cancer includes both genetic variation and environmental exposures. The main aim of this study was to search for interaction effects between well-established environmental risk factors and published common genetic variants exerting main effects on colorectal cancer risk. Methods: We used a two-phase approach: (i) discovery phase (2,652 incident colorectal cancer cases and 10,608 controls from UK Biobank) and (ii) validation phase (1,656 cases and 2,497 controls from the Study of Colorectal Cancer in Scotland). Interactions with nominal P < 0.05 in phase I were taken forward for validation in phase II. Furthermore, we constructed a weighted genetic risk score (GRS) of colorectal cancer risk for each individual and studied interactions between the GRS and the environmental risk factors. Results: Seventy of the 1,500 tested interactions were nominally significant in phase I. After testing these 70 interactions in phase II, an interaction between rs11903757 (2q32.3) and body mass index (BMI) was nominally significant (P = 0.02) with the same direction of effect. The rs11903757*BMI interaction was also significant (ratio of ORs = 1.26; 95% confidence interval, 1.10–1.44; Pinteraction = 6.03 × 10−4; Pheterogeneity = 0.63) in a meta-analysis combining results from both phases. No interactions were significant in phase II after accounting for multiple testing. No interactions involving the GRS were found with statistical significance. Conclusions: Limited evidence of gene–environment interactions in colorectal cancer risk was observed. There are potential modifications of the rs11903757 effect by BMI on colorectal cancer risk. Impact: Our findings might contribute to identifying subpopulations with different susceptibility to the effect of BMI on colorectal cancer risk.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,041 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,029 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».