Genetic relatedness of serial rectal isolates of Acinetobacter baumannii in an adult intensive care unit of a tertiary hospital in Kuwait
Notice bibliographique
Résumé
Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen of intensive care unit (ICU) patients. A. baumannii colonizes many parts of the body including the gastrointestinal tract. Endemic and epidemic strains are polyclonal. There is no clarity on the origin of polyclonality of A. baumannii. The objective of the study was to define the genetic relatedness of serial isolates and the origin of polyclonality. Serial rectal isolates from ICU patients whose rectum was colonized on ≥5 sampling occasions were selected. From a total of 32 eligible colonized patients, isolates from a subgroup of 13 patients (a total of 108 isolates) showing different patterns of colonization as revealed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) were studied. The isolates were analyzed by PFGE pulsotypes, sequence types (STs) by multi-locus sequence typing (MLST) and clonal complex (CC) by eBURST analysis. Serial isolates constituted a mixture of identical, related and unrelated pulsotypes. Analysis by STs and CCs were less discriminatory. The data suggest a combination of an initial colonizing isolate undergoing mutation as well as colonization by independent isolates. Further clarity on the origin of diversity should be better obtained by whole-genome sequencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».