Evidence of somatic mitochondrial DNA mutations in primary open angle glaucoma: ARVO Annual Meeting Abstract
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to determine the role of mitochondrial DNA (mtDNA) mutations in primary open angle glaucoma (POAG) using massively parallel sequencing. POAG patients and disease-negative controls were recruited and underwent ophthalmic assessment and DNA extraction from blood leucocytes. In a subset of this cohort Tenon fibroblasts were harvested at the time of ocular surgery, cultured and DNA was extracted. The mitochondrial genome was amplified in two overlapping fragments (9289bp and 7626bp) by long-range PCR and underwent massively parallel sequencing on the Illumina NextSeq 500. Variant annotation and heteroplasmy levels were analysed using the mtDNA-Server (mtdna-server.uibk.ac.at). Known mtDNA, polymorphisms and novel variants were filtered using MITOMAP and control data. 101 POAG patients and 83 disease-negative controls were recruited; Tenon fibroblasts were acquired at the time of ocular surgery from a sub-set of the study group: POAG patients (n=29) and control (n=13). Analysis of mtDNA mutations in the blood demonstrated there were no significant differences (Fisher exact test at p<0.05) in novel or previously disease associated non-synonymous variants in POAG cases versus controls. There was a significant difference in novel mtDNA variants in the POAG Tenon fibroblasts versus control patient fibroblasts (p<0.05). When comparing the paired samples (blood and Tenon fibroblast mtDNA) there were 2 novel potentially-pathogenic variants in the control tissue that were not seen in the control blood or glaucoma blood or Tenon fibroblasts; in the POAG subset there were 11 novel potentially pathogenic, 9 variants of unknown significance and 4 benign novel variants that were not seen in the POAG blood or control blood or Tenon fibroblasts. Only 1 potentially pathogenic variant (m.8801T>C) was found in paired sample (blood/Tenon fibroblast) in one POAG subject. The high frequency of novel mtDNA variation in the Tenon fibroblasts which were absent from blood derived mtDNA in POAG supports the concept that somatic mtDNA mutation occurs in POAG. Mutations are acquired locally in ocular tissue in POAG and are not inherited or germline. Somatic mtDNA mutations in POAG are likely secondary to the local pathophysiological environment and elucidating the mechanism of induced mtDNA damage may offer novel therapeutic opportunities. This abstract was presented at the 2019 ARVO Annual Meeting, held in Vancouver, Canada, April 28 - May 2, 2019.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».