Cre-mediated deletion of SMARCA5 disrupts pluripotency in mouse embryonic stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In embryonic stem cells (ESCs), the SWI/SNF, CHD, and INO80 families of ATP-dependent chromatin remodellers have been implicated in maintaining pluripotency-associated gene expression. At the time of this study, the importance of ISWI family remodellers had yet to be defined, and we had sought to assess their involvement. During this time, Barisic et al . ( Nature , 2019) elegantly demonstrated that the ISWI homologue SNF2H ( Smarca5 ) is important for nucleosomal periodicity, the binding of select transcription factors, and proper differentiation of mouse ESCs. While we do not dispute their findings to any extent, our experiments have led to slightly different conclusions, and we have chosen to use this platform to share our results. Here, we explore the importance of SNF2H by deriving a conditional knockout mouse ESC line and observing the consequences of SNF2H depletion on the pluripotent state. Cre-mediated deletion of Snf2h disrupts hallmark characteristics of pluripotency, resulting in distinct morphological changes; reduced expression of the master transcription factors Oct4 , Sox2 , and Nanog ; and reduced alkaline phosphatase activity. To understand the mechanisms of SNF2H-mediated regulation, we mapped SNF2H-bound nucleosomes genome-wide. SNF2H is broadly distributed across the genome but is preferentially enriched at active regulatory regions and transcription factor binding sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».