Testing generic limits in Cercidoideae (Leguminosae): Insights from plastid and duplicated nuclear gene sequences
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Reconstructing the phylogenetic history of species in large taxonomic groups remains a challenge despite ever increasing access to molecular data. In subfamily Cercidoideae (Leguminosae), the large pantropicalBauhinias.l. (~380 spp.) is never supported as monophyletic, but the generic boundaries and the number of genera that should be recognised remains a challenging taxonomic and phylogenetic question. Here we reconstruct the phylogeny ofBauhinias.l. and related genera in the subfamily using sequences obtained from five loci (matK,trnL‐F,Leafy, and two previously undetected duplicate copies ofLegcyc), which we analyse individually and in a concatenated matrix (excludingLeafy). The individual and concatenated analyses generally support two distinct lineages inBauhinias.l.: (1) the Bauhinia clade, containingBauhinias.str.,Brenierea, andPiliostigma; and (2) the Phanera clade, containingBarklya,Cheniella,Gigasiphon,Lasiobema,Lysiphyllum,Phaneras.str.,Schnella, andTylosema. Based on our analyses, we recognise 14 genera in Cercidoideae. We resurrect the genusTournayafromGigasiphon, and synonymise the Asian segregate genusLasiobemaback intoPhaneras.str. Our analyses reveal a clear gene duplication event inCYCLOIDEAthat is shared by all Cercidoideae excluding the sister lineage to the subfamily,Cercis, supporting recent hypotheses for a whole genome duplication in all Cercidoideae except this genus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».