TINC - a method to dissect transcriptional complexes at single locus resolution - reveals novel <i>Nanog</i> regulators in mouse embryonic stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Cellular identity is ultimately controlled by transcription factors (TFs), which bind to specific regulatory elements (REs) within the genome to regulate gene expression and cell fate changes. While recent advances in genome-wide epigenetic profiling techniques have significantly increased our understanding of which REs are utilized in which cell type, it remains largely unknown which TFs and cofactors interact with these REs to modulate gene expression. A major hurdle in dissecting the whole composition of a multi-protein complex formed at a specific RE is the shortage of appropriate techniques. We have developed a novel method termed TALE-mediated Isolation of Nuclear Chromatin (TINC). TINC utilizes epitope-tagged TALEs to isolate a specific genomic region from the mammalian genome and includes a nuclei isolation and chromatin enrichment step for increased specificity. Upon cross-linking of the cells and isolation of the chromatin, the target region is purified based on affinity purification of the TALE and associated nucleic acid and protein molecules can be subjected to further analyses. A key TF in the pluripotency network and therefore in embryonic stem cells (ESCs) is NANOG. It is currently not fully understood how Nanog expression is regulated and consequently it remains unclear how the ESC state is maintained. Using TINC we dissected the protein complex formed at the Nanog promoter in mouse ESCs and identified many known and numerous novel factors.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».