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Enregistrement W3015289091 · doi:10.1038/s43018-020-0050-6

Pan-cancer analysis of advanced patient tumors reveals interactions between therapy and genomic landscapes

2020· article· en· W3015289091 sur OpenAlexafffund
Erin Pleasance, Emma Titmuss, Laura Williamson, Harwood Kwan, Luka Culibrk, Eric Y. Stutheit-Zhao, Katherine Dixon, Kevin Yijun Fan, Reanne Bowlby, Martin Jones, Yaoqing Shen, Jasleen Grewal, Jahanshah Ashkani, Kathleen Wee, Cameron J. Grisdale, My Linh Thibodeau, Zoltán Bozóky, Hillary Pearson, Elisa Majounie, Tariq Vira, Reva Shenwai, Karen Mungall, Eric Chuah, Anna Davies, M.R. Warren, Caralyn Reisle, Melika Bonakdar, J. Paul Taylor, Veronika Csizmók, Simon K. Chan, Zusheng Zong, Steve Bilobram, Amir Muhammadzadeh, D.N. D’Souza, Richard Corbett, Daniel MacMillan, Marcus Carreira, Caleb Choo, Dustin W. Bleile, Sara Sadeghi, Wei Zhang, Tina Wong, Dean Cheng, Scott D. Brown, Robert A. Holt, Richard A. Moore, Andrew J. Mungall, Yongjun Zhao, Jessica Nelson, Alexandra Fok, Yussanne Ma, Michael K.C. Lee, Jean‐Michel Lavoie, Shehara Mendis, Joanna M. Karasinska, Balvir Deol, Ana Fisic, David F. Schaeffer, Stephen Yip, Kasmintan A. Schrader, Dean A. Regier, Deirdre Weymann, Stephen Chia, Karen A. Gelmon, Anna V. Tinker, Sophie Sun, Howard J. Lim, Daniel J. Renouf, Janessa Laskin, Steven J.M. Jones, Marco A. Marra

Notice bibliographique

RevueNature Cancer · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensCanadian Centre for Applied Research in Cancer ControlVancouver General HospitalSimon Fraser UniversityBC Cancer AgencyPancreas Centre (Canada)University of British ColumbiaCanada's Michael Smith Genome Sciences Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchGenome British ColumbiaCanada Foundation for InnovationGenome Canada
Mots-clésTranscriptomeGenomeContext (archaeology)BiologyCancerGenome instabilityGenomicsComputational biologyDNA repairGeneGeneticsDNA damageDNAGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations173
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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