Validation of an environmental DNA protocol to detect a stream‐breeding amphibian, the Streamside Salamander (<i>Ambystoma barbouri</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Environmental DNA (eDNA), or DNA that is shed into the environment by an organism, can be used to detect the presence of cryptic species. However, eDNA methodology requires validation of an assay in both laboratory and field environments. Here, we describe the development of a quantitative PCR (qPCR) assay and field protocol for detecting a secretive amphibian, the Streamside Salamander ( Ambystoma barbouri). This fossorial species is rarely encountered because adults are only active for several months during the winter when they breed and deposit eggs underneath rocks within intermittent streams. We designed and validated a qPCR assay for A. barbouri against five ambystomatid congeners and the Southern Two‐lined Salamander ( Eurycea cirrigera ), which occur within the range of A. barbouri in the focal study area. We detected DNA of A. barbouri in the laboratory to 0.0004 ng/µl, while all other congeners were rarely detected below 40 ng/µl. We collected 1‐L water samples from 45 streams from December 2016 to May 2017 and during April 2018 to validate our methods in the field. Our assay was effective at detecting A. barbouri in 24 of 45 streams. We confirmed physical presence of A. barbouri (adults, larvae, and/or eggs) at 21 out of 24 of these positive sites. The detection probability was 0.85 ± 0.05; CI: 0.75, 0.95 within a single sampling event that incorporated 5 water samples from each of 17 repeat‐visit sites. The per water sample sensitivity was 68% (163/238) and specificity was 100% (22/22). The per site visit sensitivity was 85% (46/54) and specificity was 100% (6/6). Lastly, the per site sensitivity was 95% (21/22) and specificity was 100% (3/3). Collectively, this protocol outlines an efficient and cost‐effective method to detect A. barbouri and provides a technique to rapidly identify sites where breeding is occurring and to determine the distribution of this species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».